С середины XVI века городом управляли астраханские воеводы. Они исполняли административные, военные и судебные функции, имели особые права: набирали служивых людей, наделяли их поместьями, вели дипломатические переговоры с соседними государствами. В петровскую эпоху начинаются преобразования всей общественно-политической структуры государства.
В 1724 году в Астрахани создается Городской Магистрат, который объединил судебные, административно-полицейские и налоговые функции. Во главе магистрата стоял президент и бургомистры. Во второй половине XVIII века была издана «Грамота на права и выгоды городов Российской Империи», после которой в Астрахани были образованы Общая городская Дума и Шестигласная Дума – исполнительный орган городского управления.
В 1892 году вышло новое положение об общественном управлении, которое разделило городские органы самоуправления на Городскую Думу и Городскую Управу.
Однако в 1917 году произошли изменения в системе городского управления. После Октябрьской революции началась коренная перестройка всего государственного механизма и органов местного самоуправления. В середине 20-х годов появились Городские Советы, которые должны были держать связь с населением и отчитываться о работе Советов. Такая система просуществовала с небольшими изменениями вплоть до реформ 90-х годов.
В декабре 1991 года снова происходит структурная реорганизация исполнительных органов городского Совета народных депутатов. Тогда Советы сложили свои полномочия, а президент издает Указ о назначении Главы администрации Астрахани.